Amigos,
O Hibernate Synchronizer tem um bug crítico na class BaseRootDAO que não permite inicializar mais de uma sessão do Hibernate 2 ou 3.
O problema ocorre em
_RootDAO.initialize("database1.cfg.xml");
_RootDAO.initialize("database2.cfg.xml");
Ele não inicializa as seções. Só funciona com o arquivo de configuração padrão (hibernate.cfg.xml), ou seja, uma única sessão.
_RootDAO.initialize();
Depurei e vi que é fácil corrigir o problema, mas como já tive muitos problemas, resolvi escrever tudo na mão e só estou usando o plugin para gerar as classes POJO...
Entrei em contato com o desenvolvedor e ele pretende implementar esta "feature" em breve.